SMP Pesantren Modern At-Taqwa Gunungputri Bogor memiliki Program pendidikan selama 3 tahun sebagaimana program Diknas. Sistem pendidikan di Pesantren ini mengacu pada program kombinasi antara program Diknas dengan Program Pesantren. Pendidikan pembelajaran Dinas dan Program Pendidikan Pesantren masuk dalam jadwal keseharian di Sekolah.